Działalności XIII Liceum Ogólnokształcącego Katolickiego im. Świętej Rodziny w Olsztynie przyświecają słowa Jana Pawła II wypowiedziane w 1987 roku w orędziu na Światowy Dzień Młodzieży, w których Ojciec Święty podkreślał:
Młodość, będąc kluczowym etapem życia, jest szczególnym bogactwem, dobrem samego człowieczeństwa. To czas szczególnej odpowiedzialności i nadziei, kształtowania osobowości, precyzowania ideałów i projektów życiowych, okres poszukiwania prawdy, a także dążenia do prawdziwego szczęścia.
Szkoła powstała w 2011 r. jako czwarta placówka rozwijającego się od lat Katolickiego Zespołu Edukacyjnego im. Świętej Rodziny w Olsztynie – założona i prowadzona przez Stowarzyszenie Świętej Rodziny z siedzibą w Olsztynie. Wcześniej Stowarzyszenie powołało Katolicką Szkołę Podstawową im. Świętej Rodziny w Olsztynie (1997), Niepubliczne Przedszkole im. Świętej Rodziny w Olsztynie (2000) oraz Gimnazjum nr 22 Katolickie im. Świętej Rodziny w Olsztynie (2003).
Od początku mieści się ona w budynku parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa, dzięki życzliwości i otwartości jej gospodarza – ks. kan. Janusza Wieszczyńskiego. Dyrektorami Liceum byli kolejno: Joanna Breńkacz (2011-2013, 2018-aktualnie), Iwona Drężek (2013-2016), Małgorzata Dera (2017-2018).